Dana 1. siječnja 1966. potpisan je ugovor između Hrvatskoga narodnog kazališta u Zagrebu i tadašnje Jugoslavenske akademije znanosti i umjetnosti u Zagrebu o ustupanju Arhiva i muzeja Hrvatskoga narodnog kazališta za potrebe osnivanja Odsjeka za teatrologiju Instituta za književnost („Kronika Zavoda za književnost i teatrologiju JAZU“, god. IX, br. 27-28, Zagreb 1983.). Navedeni ugovor u ime Akademije potpisao je njezin predsjednik Grga Novak, a u ime Hrvatskoga narodnog kazališta intendant Mirko Božić, koji je sa svojim intendantskim prethodnikom i tadašnjim tajnikom Odjela za suvremenu književnost (danas Razreda za književnost), Marijanom Matkovićem, i najzaslužniji za potpisivanje i provedbu ugovora.
Institut za književnost preuzeo je u svoj sastav i malobrojno osoblje – među kojima i ugovornog znanstvenog suradnika, izvanrednog člana Akademije Slavka Batušića, prvog upravitelja Odsjeka – te je bio dužan preseliti sve materijale u svoje prostorije do kraja 1966., no to se nije ostvarilo pa je novoosnovani odsjek ostao u sobama Arhiva i muzeja HNK u zgradi Kola sve do rujna odnosno listopada 1968., kada je cjelokupni fundus Odsjeka za teatrologiju preseljen dijelom u prostorije Instituta u palači Narodni dom, Opatička 18, a dijelom u novodobivene Akademijine prostorije u Marinkovićevoj ulici br. 4. Kazališna je građa 1971. u cijelosti preseljena u palaču Narodni dom, no nije popisana i čuvana je u neodgovarajućim uvjetima.
Rad je u prvim godinama usko vezan za djelatnost Hrvatskoga narodnog kazališta: radi se na indeksaciji novih repertoarnih knjiga, kazališnih vijesti i kritičkih članaka, sređuje se postojeća građa, preuzimaju se donacije i otkupi te se pripremaju izložbe o djelatnosti Hrvatskoga narodnog kazališta i kazališnih velikana.
Dolaskom u Odsjek, Branko Hećimović, koji nakon smrti Slavka Batušića 1979. postaje upraviteljem, pokreće projekt Utvrđivanje stanja i značenja postojeće dokumentarističke građe i uvjeta za izradu repertoara u svim današnjim i nekadašnjim kazalištima u SR Hrvatskoj u sklopu kojega se uspostavlja suradnja s većinom hrvatskih kazališta, kazališnih družina i grupa, festivala, smotri i susreta, i nastoji se preuzeti ili barem preslikati njihova građa. Istodobno se popisuje i kazališna građa, kako u kazalištima tako i u drugim ustanovama u kojima je pohranjena, a intenzivira se i preuzimanje osobnih ostavština. Do sada se opseg čuvane građe višestruko povećao.
Godine 1984. započinje desetogodišnja obnova zgrade. Tijekom rekonstrukcije palače Narodni dom planirano je da se u prizemlju istočnoga krila otvori Hrvatski kazališni muzej, no taj je prostor dobio novu namjenu te sada služi za primanja vezana za različite sastanke, priredbe i koncerte u Preporodnoj dvorani, a današnji Odsjek za povijest hrvatskog kazališta koristi se njime samo za svoje izložbe.
Na zahtjev Odsjeka za teatrologiju Zavod za zaštitu spomenika kulture u Zagrebu 17. ožujka 1987. donosi Rješenje prema kojem se Muzejsko-kazališna zbirka Zavoda proglašava spomenikom kulture te se 1988. upisuje u registar muzejskih organizacija.
Nakon uspostavljanja Zavoda za povijest hrvatske književnosti, kazališta i glazbe Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti te preimenovanja u Odsjek za povijest hrvatskog kazališta 1993., kao i dovršenja radova na restauriranju i obnovi palače Narodni dom, glavna znanstvena djelatnost Odsjeka usmjerena je na izradu Repertoara hrvatskih kazališta, a stručna i arhivska, uglavnom je podređena novom razmještaju, te preseljenju građe u novouređene prostorije u prizemlju i razizemlju, kao i njezinom sređivanju i zaštiti.