Tijekom proteklih 100 godina djelatnici Zavoda za ornitologiju provodili su opsežna ornitološka istraživanja diljem Hrvatske. Ervin Rössler provodio je istraživanja na području Srijema, Slavonije, Visa, Mljeta, Palagruže, Velebita i okolice Zagreba. Antun Maštrović istražuje ornitofaunu sjeverne Dalmacije i Slavonije. Konstantin Igalffy proučava ornitofaunu sjeverne Dalmacije, Primorja i Pokupskog bazena. Među brojnim faunističkim istraživanjima koje su Dragutin i Renata Rucner provodili širom Hrvatske ističu se prva sustavna metodološka istraživanja ptičjih zajednica. Ljubica Štromar istražuje gniježđenje galebova klaukavaca i crvenokljunih čigri na jadranskim otocima.
Posljednjih dvadesetak godina provode se istraživanja širom Hrvatske. Istražujemo ornitofaunu močvarnih staništa u panonskoj Hrvatskoj i u priobalju, zajednice ptica nizinskih i brdskih šuma, livadna staništa i dr. Provode se i autekološka istraživanja bjeloglavih supova, sova, djetlovki, galebova klaukavaca itd.
Djelatnici i suradnici Zavoda sakupili su i obradili podatke o trendovima i veličinama populacija i promjenama areala hrvatskih ptica gnjezdarica. Rezultati tog projekta omogućili su zajedno sa sličnim istraživanjima u ostalim europskim zemljama izdavanje Atlasa ptica gnjezdarica Europe i doprinijeli su novim spoznajama o statusu, ugoženosti i trendu populacija europskih gnjezdarica.
Rezultati istraživanja objavljeni su u velikom broju znanstvenih i stručnih radova.
Zaštita ptica
Značajan je rad i aktivnost Zavoda za ornitologiju na problematici zaštite ptica u Hrvatskoj. Ornitološki zavod bio je pokretački mehanizam donošenja mjera zaštite ptica, odnosno začetnik zakonskih izmjena vezanih uz zaštitu prirode uopće. Davao je inicijativu za proglašenje ornitoloških rezervata kao posebne kategorije zaštite prirodnih i ornitološki zanimljivih staništa. Zasluga je Zavoda što su formirani ornitološki rezervati Krapje Đol kod Jasenovca, Pod Gredom i Prud kod Metkovića, ornitološki rezervat na otoku Krku i dva rezervata na otoku Cresu.
Napravljeni su brojni prijedlozi i studije vezane uz potrebe za zaštitom pojedinih, ornitološki vrijednih lokaliteta. Uz to provodi se i aktivna zaštita ugroženih vrsta ptica: npr. organizirana su hranilišta i oporavilište za supove na otoku Cresu, postavljaju se kućice za gniježđenje za šumske sove i jastrebače i dr.
Popularizacija i edukacija
Napori djelatnika Ornitološkog zavoda od samog početka usmjereni su na razvijanje svijesti šireg kruga ljudi o potrebi zaštite i očuvanja hrvatske ornitofaune i prirodne baštine općenito.
Ervin Rössler objavio je velik broj članaka kojima popularizira ornitologiju i zaštitu ptica. Antun Maštrović objavio je niz članaka vezanih uz popularizaciju prstenovanja ptica, ali i članke usmjerene na zaštitu ptica, npr. Ukoliko su škanjac i jastreb štetni lovu, Da li su trčka i fazan štetni poljoprivredi? Renata Kroneisl-Rucner i Dragutin Rucner objavljuju niz popularnih članaka s temom zaštite ptica. Objavili su i knjige Moja knjiga o pticama (Rucner i Kroneisl, 1955.), Ptica i čovjek (Rucner R., 1966.) Praktična zaštita ptica (Rucner R., 1966.).
I posljednjih godina mnogo truda ulaže se u popularizaciju problematike zaštite ptica i njihovih staništa. Prezentirani su mnogobrojni radio i TV prilozi, mnogobrojni članci u dnevnim novinama te u popularnim i stručnim časopisima. Organizirana su i brojna predavanja za učenike, studente i šire pučanstvo. Povremeno smo bili u mogućnosti, u suradnji s nevladinim udrugama koje se bave zaštitom ptica i njihovih staništa, producirati i distribuirati obrazovne knjižice, letke, postere i drugi materijal usmjeren na popularizaciju problematike zaštite ptica i njihovih staništa.