Stare i rijetke knjige posebno su zaštićene i pohranjene u trezoru. Među ostalim raritetima tu se čuvaju i prva izdanja djela Dominka Zlatarića, Hanibala Lucića, Andrije Čubranovića, Marina Držića, Jurja Barakovića, Marka Marulića, Matije Divkovića, Fausta Vrančića, Matije Vlačića, Petra Zrinskog, Pavla Rittera Vitezovića, Ivana Lucića, Baltazara Krčelića i dr.
Zbirka rariteta sadrži 35 inkunabula, među kojima i jedan primjerak hrvatskog prvotiska Misala po zakonu rimskoga dvora iz 1483. Bogat fond knjiga 16. stoljeća broji 337 signatura, a 17. stoljeća 531 signaturu, dok zbirka sadrži brojne rijetke, napose hrvatske naslove iz 18. i 19. stoljeća.
Glavnina starih i rijetkih knjiga dostupna je preko starog abecednog i stručnog kataloga na listićima, a 2000. započet je rad na računalnom katalogu rijetkosti koji do sada sadrži uglavnom podatke o rijetkim hrvatskim knjigama tiskanim u 17. i 18. stoljeću kojih nema u starom katalogu.
S obzirom na to da se građa iz trezora donosi u pravilu samo jednom u danu, korisnik je za čitanje treba naručiti bar jedan dan prije.